Le TPR naît en août 1961, à l’instigation de l’auteur Bernard Liègme, et sous la direction de Charles Joris.

La compagnie s’organise en communauté dans une ferme du Val-de-Ruz. Elle y fabrique ses spectacles qu’elle joue à raison de plus ou moins soixante représentations dans tous les cantons romands.

En 1968, La Chaux-de-Fonds offre un abri urbain à la compagnie en acceptant son plan triennal d’activité et en y liant un subventionnement régulier. D’autres collectivités publiques financent également les activités de la troupe.

Dès 1993, six villes liées par conventions de trois ans, La Chaux-de-Fonds, Neuchâtel, Le Locle, Bienne, Delémont et Moutier, donnent au TPR le statut d’une association qui permet de stabiliser les activités théâtrales à un niveau minimal. En 1994, la solidarité de l’Union des Théâtres Romands et d’un grand nombre d’artistes du spectacle vient conforter ce nouveau départ lors d’une grande fête.

En 2001, Charles Joris atteint l’âge administratif de la retraite. Après quarante années de direction artistique à la tête du TPR, il est remplacé par Gino Zampieri, qui avait déjà fait partie de l’aventure du Théâtre Populaire Romand dans les années 1964/1965, alors que la troupe était encore installée dans le Val-de-Ruz et en y signant trois mises en scène dans les années 1990.

En juin 2004, le TPR s’est associé définitivement à la Fondation Musica-Théâtre (qui a été créée en 1953 pour prendre la conduite du Théâtre de la Ville inauguré le 5 septembre 1837). Le TPR devient ainsi l’entité de création, de diffusion et de formation de la nouvelle Fondation Arc en Scènes.

À l’automne 2009, Andrea Novicov fondateur et jusque-là directeur de la Compagnie Angledange succède à Gino Zampieri.